Command & Conquer: Red Alert comienza en la década de 1950, tomando lugar en una realidad alternativa en la cual Albert Einstein construye una maquina llamada Cronoesfera la cual usa para viajar en el tiempo desde Trinity, Nuevo Mexico en 1946 a Landsberg, Alemania en 1924, donde se encuentra con Adolf Hitler recién liberado de la cárcel por el fallido Putsch de la Cervecería de Munich en el mismo año. Einstein elimina a Hitler de nuestra dimensión en un intento por prevenir la Segunda Guerra Mundial. Después de ello regresa a 1946 donde Europa se ve pacífica y sin mayores problemas, pues la Guerra no devastó al continente.

 

Pero el plan de Einstein resultó un grave error de cálculo, pues la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas bajo el régimen de Iósif Stalin, logro convertirse rápidamente en una superpotencia expansionista ya que Hitler y su Alemania Nazi nunca emergieron para equilibrar fuerzas con la URSS en el continente Europeo. Sin el obstáculo hitleriano, la Unión Soviética avanza militarmente sin ninguna oposición considerable a través del continente, donde los aliados se ven sobrepasado por un enemigo superior en numero y armas, iniciándose así la Segunda Gran Guerra Mundial como una campaña Soviética de dominación euroasiática. A lo largo del juego las potencias aliadas y la Unión Soviética batallan por el control del continente europeo en un conflicto que costará 80 millones de vidas y devastará una gran parte del mundo.